من أهم الأخطار التي تواجة الطبيب والمريض وأكثرها شيوعاً أثناء عملية غسيل المعدة هي حدوث التهابٌ رِئوي شفطيّ (بالإنجليزية: Aspiration Pneumonia)؛ وتحدث هذه الحالة عندما يدخل الرئة أو المجاري التنفسية أو الهوائية بعضاً من مكونات المعدة، وفي حال عدم علاجها قد تؤدي إلى حدوث تورم في الرئة، وتشكّل صديد أو خرّاج فيها، أو ربما يحصل التهاب بكتيري في الرئة. ومن أعراض هذه الحالة: الشعور بألم في الصدر، وصدور صوت صفير أثناء التنفس، والسعال الذي يرافقه بلغم، وازرقاق لون الجلد (بالإنجليزية: Cyanosis)، والإعياك والإنهاك الجسدي العام، وارتفاع درجة حرارة الجسم. أمّا فيما يتعلّق بالمخاطر الأخرى التي يمكن أن تحدث أثناء غسيل المعدة فنذكر ما يلي:
حدوث نزيف بسيط. دفع محتويات المعدة السامة ووصولها إلى الأمعاء. حدوث ثقب في المريء أثناء إدخال أنبوب العملية. دخول أنبوب الغسيل بشكل خاطئ، فبدلاً من أن يدخل عبر المريء يدخل المجاري الهوائية أو التنفسية. حدوث تشنجات في الحبال الصوتية للمريض تمنعه من التنفس الطبيعي لفترة مؤقتة.
حدوث نزيف بسيط. دفع محتويات المعدة السامة ووصولها إلى الأمعاء. حدوث ثقب في المريء أثناء إدخال أنبوب العملية. دخول أنبوب الغسيل بشكل خاطئ، فبدلاً من أن يدخل عبر المريء يدخل المجاري الهوائية أو التنفسية. حدوث تشنجات في الحبال الصوتية للمريض تمنعه من التنفس الطبيعي لفترة مؤقتة.
